В новом эпизоде саги о Super Mario, разворачивающемся в галактических просторах, молодой наследник злодея Боузера похищает принцессу Розалину. Его цель — воскресить отца, и для этого он создаёт разрушительное устройство — суперпушку, способную уничтожать целые миры. Параллельно Марио и его брат Луиджи, повстречав на своём пути дракона Йоши, пытаются перевоспитать поверженного Боузера и обратить его к добру. Однако сын освобождает отца из заточения. Теперь водопроводчику Марио предстоит объединить силы с верными друзьями, чтобы сорвать коварные замыслы Боузера-младшего и не допустить его притязаний на господство во вселенной, что грозит гибелью всему сущему.